Suurlähetystön tehtävänä on edistää Suomen suhteita Kenian tasavaltaan sekä sivuakkreditointimaihin Ugandaan, Seychelleille ja Eritreaan. Lisäksi suurlähetystö hoitaa Somaliaan liittyviä asioita.
Toiminta painottuu Kenian kehityksen tukemiseen. Kenia on yksi Suomen kahdenvälisen kehitysyhteistyön päävastaanottajamaista.
Suurlähetystö edistää Kenian ja Suomen kansalaisten, elinkeinoelämän ja instituutioiden välistä verkottumista sekä valvoo suomalaisten etuja.
Suomen suurlähetystö Nairobissa toimii myös Suomen pysyvänä edustustona YK:n ympäristöohjelmalle UNEP:lle ja YK:n asuinyhteiskuntaohjelmalle UN-HABITAT:lle, joiden molempien pääkonttorit sijaitsevat Nairobissa.
Edustuston toimialue on myös suurelta osin Suomenkin antaman humanitaarisen avun kohde-aluetta. Jo määritelmälliset humanitaariset tilanteet ovat ennakolta vaikeasti ennustettavia, mutta nopeat muutokset ja äkilliset humanitaariset kriisit ovat olleet viime vuosille tyypillisiä tällä alueella.
